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Janus - Sistema de Pós-Graduação |
| Instituto de Ciências Biomédicas |
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| Programa de Pós-Graduação Interunidades em Bioinformática |
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| Disciplina:
IBI5071-1 - Abordagens teóricas e práticas de metagenômica para a descoberta de vírus |
| Créditos Aula: |
2 |
| Créditos Trabalho: |
0 |
| Carga Horária Total: |
30 h |
| Área de Concentração: |
95131 |
| Ativação: |
07/01/2016 |
| Objetivos |
- Esta disciplina visa apresentar conceitos fundamentais de desenho experimental e análise de dados de metagenômica usando dados de sequenciamento de próxima geração. Os tópicos abordados incluem tecnologias de sequenciamento, base teórica dos aplicativos, bancos de dados públicos e exemlos no avanço da descoberta de novos vírus a partir de estudos de metagenômica, algumas abordagens tradicionais e sessões práticas usando programas como crAss e GenSeed-HMM.
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| Docente Responsável |
| 2796430 - Arthur Gruber |
| Docente Colaborador |
| Prof. Dr. Bas E. Dutilh (Utrecht University, Holanda) |
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| Justificativa |
O advento de técnicas de sequenciamento de nova geração trouxe a possibilidade de se sequenciar não apenas um único genoma, mas os genomas de toda uma comunidade de microrganismos de um bioma. A metagenômica permite estimar a diversidade de biológica de uma amostra, o conjunto de enzimas e vias presentes, bem como detectar organismos ainda desconhecidos. Atualmente conhecemos somente uma pequena fração da imensa diversidade dos vírus. O uso de dados metagenômicos e a identificação de vírus emergentes representa um grande desafio em termos de bioinformática. Nessa disciplina pretendemos abordar alguns métodos e ferramentas para o processamento de dados metagenômicos e seu uso para a descoberta de novos vírus, cobrindo conceitos teóricos e sessões práticas. |
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| Conteúdo |
- Introdução à análise em bioinformática (questões biológicas vs. análise bioinformática, principais abordagens em bioinformática, alinhamento de pares de sequências, bancos de dados de sequencias, de vias metabólicas e de ortologia)
- Sequenciamento de DNA (sequenciamento Sanger e seqüenciamento de nova geração, vantagens de cada plataforma, formatos de dados, qualidade, trimming, montagem de fragmentos e suas medidas)
- O que é metagenômica?
- Tipos de análise de metagenômica: amplicon, shotgun, funcional
- Metagenômica de amplicons (história, marcadores filogenéticos, design experimental , análise de dados preliminares, OTU, designação taxonômica, análise estatística multivariada, o pacote QIIME)
- Metagenômica de shotgun (montagem , design experimental , análise absoluta vs análise relativa, anotação funcional e taxonômica)
- Métodos inovadores para metagenomica virail (VirSorter, métodos alternativos de reconstrução , bases de dados de sequências virais, de grupos ortólogos e de HMMs de perfil, vFam, POGs e seção viral do EGGNOG, reconstruindo genomas virais usando HMMs de perfil como sementes)
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| Forma de Avaliação |
- Exercícios práticos avaliados em aula, prova teórica.
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| Bibliografia |
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