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Genômica e Bioinformática
2015

Links interessantes


Listamos abaixo alguns links para sites web que abrigam programas e bases de dados importantes na Bioinformática, distribuições do sistema Linux e fóruns de discussão na área. Caso você conheça um site interessante, por favor nos comunique para que seja adicionado à lista.

Aplicativos e bases de dados de Bioinformática

 

Alinhamento e mapeamento de sequências - ferramentas

Alinhamento múltiplo de sequências

Anotação de sequências - ferramentas de edição e visualização

  • ACT - Artemis Comparison Tool
  • Artemis: A DNA Sequence Viewer and Annotation Tool
  • Apollo - tool for editing genome annotations
  • Gbrowse - Genome Browser
  • JBrowse - Genome Browser

Bancos de dados de sequências

  • NCBI - National Center for Biotechnology Information
  • DDBJ - DNA Data Bank of Japan
  • EBI - European Bioinformatics Institute
  • Uniprot

Busca de similaridade

Busca de motivos proteicos

Filogenia molecular

Formatos de sequências e anotações

Linux - distribuições e ambientes de trabalho

Metagênomica - ferramentas e servidores

  • IMG - Integrated Microbial Genomes and Metagenomes
  • MEGAN5 - MEtaGenome ANalyzer
  • MetaPhyler - Estimating Bacterial Composition from Metagenomic Sequences
  • MetaVelvet - de novo metagenomic assembler
  • MG-RAST - web-based platform for data intensive biomedical research
  • PhyloPythia - Accurate phylogenetic classification of variable-length DNA fragments

Montagem de DNA

Ontologias

Ortologia - Bases de dados

Pacotes para análise de sequências

Periódicos científicos em Bioinformática

Pipelines e workflows - plataformas

  • Galaxy - web-based platform for data intensive biomedical research
  • MAKER - portable and easily configurable genome annotation pipeline
  • EGene - pipeline generation system for sequence processing and annotation

Polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNPs)

Programação - Linguagens

Predição de dobramento (folding) de RNA e genes de tRNA

Predição de domínios/localização celular de proteínas

  • COILS - Prediction of Coiled Coil Regions in Proteins
  • Phobius - A combined transmembrane topology and signal peptide predictor
  • SignalP - Prediction of signal peptide cleavage sites in proteins
  • TargetP v1.01 - Prediction of subcellular location
  • TMHMM (v. 2.0) - Prediction of transmembrane helices in proteins

Predição de genes

Proteínas - bases de dados de famílias proteicas/padrões/motivos proteicos

  • CATH - classification of protein structures downloaded from the Protein Data Bank
  • CDD - Conserved Domains Database
  • eMOTIF - database of highly specific and sensitive protein sequence motifs
  • InterPro - protein sequence analysis & classification
  • Pfam - database of protein families, each represented by multiple sequence alignments and HMMs
  • PIR - Protein Information Resource
  • PRINTS - compendium of protein fingerprints
  • ProDom - collection of protein domain families automatically generated from the UniProt Knowledge Database
  • PROSITE - Database of protein domains, families and functional sites
  • SCOP - Structural Classification of Proteins
  • SMART - Simple Modular Architecture Research Tool
  • TIGRFAMs - TIGR Protein Families
  • UniProtKB/Swiss-Prot - manually annotated and reviewed section of the UniProtKB

Repetições - ferramentas de busca e mascaramento

RNAseq - ferramentas de análise

Tutoriais

Vias metabólicas - Bases de dados

Virtualização - programas para criação de máquinas virtuais

  • Parallels - máquinas virtuais para Mac (comercial)
  • VirtualBox - máquinas virtuais para Win, Mac e Linux (freeware)
  • WMWare - máquinas virtuais para Win, Mac e Linux (comercial e freeware)