BMP0216
Genômica e Bioinformática
2015

Critérios para avaliação e presença


Composição da nota

A avaliação da disciplina será feita através das seguintes atividades:

  • Prova Escrita 1 - peso 2
  • Prova Escrita 2- peso 2
  • Seminário em grupo - peso 1
  • Trabalho em grupo - peso 1

O conceito final da disciplina será obtido pela média ponderada das notas, conforme os pesos listados acima.

Exemplo:

  • Prova Escrita 1 - 6,0
  • Prova Escrita 2 - 5,5
  • Seminário em grupo - 8,0
  • Trabalho em grupo - 7,0

Média final da disciplina = [(2 x 6,0) + (2 x 5,5) + (1 x 8,0) + (1 x 7,0)] / 6

= (12,0 + 11,0 + 8,0 _7,0) / 6

= 38 / 6

Média final = 6,3

Provas escritas

  • Serão compostas de questões dissertativas abordando os principais conceitos de genômica e bioinformática.
  • As provas NÃO exigirão conceitos memorizados, mas, sim, capacidade de abstração, raciocínio e integração de conceitos. Portanto: NÃO se limite a decorar programas de análise e seus parâmetros!

Prova substitutiva

  • Poderá ser aplicada uma prova substitutiva, a critério dos docentes, somente para casos devidamente justificados e documentados. Essa prova subsitutiva será cumulativa, abrangendo todo o contéudo programático da disciplina. O não comparecimento a qualquer prova, sem a realização de uma prova substitutiva, implicará em falta e conceito zero (0).

Seminários em grupo

  • Serão realizados 8 seminários cujos temas serão definidos no início da disciplina, os quais deverão ser apresentados em grupos de 3 a 5 membros, dependendo do tamanho da turma. Cada grupo deverá entregar um arquivo Powerpoint ou PDF antes do início da aula. Será atribuído conceito 0 (zero) para os alunos que não estiverem presentes no período de apresentação do seminário de seu respectivo grupo. Algumas normas complementares:
    • A ordem de apresentação dos seminários será definida previamente por sorteio.

    • Ao final de cada seminário, será sorteado um grupo para fazer uma questão relativa a esse seminário. A ausência do grupo nesse momento resultará na perda de 50% do conceito de seu próprio seminário.

    • O grupo deverá designar alguém para formular a questão. Essa pessoa não poderá mais ser escolhida pelo grupo em outras questões.

    • Os docentes avaliarão a pertinência da pergunta e, caso entendam que a mesma foi apropriada, o aluno ganhará um ponto adicional em sua nota do seminário. Caso contrário, não haverá alteração da nota.

    • A pergunta de um grupo não terá influência sobre o conceito atribuído ao grupo que estiver apresentando o seminário.

    • Após a pergunta do aluno, os professores farão as suas próprias perguntas.

    • O sorteio de um grupo não implica que o mesmo não possa ser sorteado de novo ao longo dos demais seminários.

    • O conceito do seminário será atribuído a todos os alunos de cada grupo e terá o mesmo valor, com exceção dos alunos que tiverem ganhado o ponto adicional por formularem perguntas. Para esse conceito, serão avaliados os seguintes itens:

      • Qualidade da apresentação (didática, ilustração pertinente, respeito ao tempo de apresentação - 20 a 25 min). Apresentações curtas demais (<18 minutos terão redução automática do conceito atribuído).

      • Conteúdo (cobertura adequada do assunto, pesquisa em múltiplas fontes e informações corretas).

    • Grupos para seminários e trabalhos

      • Grupo 1 - Eiji, Felipe, Patrick, Cecília, Eduardo (RNAs não codificadores)
      • Grupo 2 - Anri, Ayumi, Laís, Rafaella (Medicina genômica)
      • Grupo 3 - Luíza, Lucas Nishida, Melissa, Patrizia, Plínio (Biologia de sistemas)
      • Grupo 4 - Ellen, Evelyn, Fernanda, Mariana Kanbe, Mariana Mendonça (Análises de polimorfismos)
      • Grupo 5 - André, Nicolli, Pedro, Juliana, Rafael (Predição de estrutura de RNAs)
      • Grupo 6 - Isabela, Lucas Rosseti, Alice, Caio, Luana (Bioinformática para terapia)
      • Grupo 7 - Thaís, Rachele, Karen, Agatha, Lutero (Metagenômica: conceitos e aplicações)
      • Grupo 8 - Davi, Arthur, Danilo, Liliane, Hugo (Sequenciamento de nova geração: tipos de dados e aplicações)

 

    • Temas para seminários
      • Tema 1 - Sequenciamento de nova geração: tipos de dados e aplicações
      • Tema 2 - Metagenômica: conceitos e aplicações
      • Tema 3 - RNAs não codificadores
      • Tema 4 - Detecção de assinaturas em sequências de nucleotídeos
      • Tema 5 - Bancos de dados (SQL, noSQL, XML) e usos em bioinformática
      • Tema 6 - Filogenômica: conceitos, métodos e aplicações
      • Tema 7 - Análises de polimorfismos
      • Tema 8 - Medicina genômica
      •  

Trabalhos em grupo

  • Os trabalhos deverão ser realizados em grupo de 3 a 5 membros e consistirão de problemas de genômica/bioinformática. Os temas dos trabalhos serão divulgados durante o curso e serão definidos por sorteio entre os grupos. Os grupos deverão entregar os trabalhos por escrito (em arquivos PDF) contendo a descrição das análises efetuadas, a justificativa de escolha das ferramentas empregadas, os resultados obtidos e as interpretações desses resultados.
  • Sugere-se que a estrutura do texto seja semelhante à de um artigo científico, ou seja, que contenha um resumo, introdução, materiais e método, resultados, discussão, conclusões e bibliografia. Algumas dessas seções poderão ser eventualmente fundidas (ex. materiais e métodos/resultados ou resultados/ discussão) quando adequado. Espera-se que o texto final seja conciso, claro, objetivo e completo (evitar omissões de informações e conceitos relevantes para o trabalho).\

Recuperação

  • Os estudantes reprovados, com conceito final entre três (3,0) e quatro e nove (4,9), terão direito de realizar a prova de Recuperação, a qual será oferecida no semestre corrente e será cumulativa, versando sobre todo o conteúdo da disciplina.
  • Serão considerados reprovados na Disciplina, sem direito à Recuperação, os estudantes que obtiverem média inferior a três (3,0) e/ou frequência em aula abaixo de 70%.
  • A Recuperação será composta de uma prova escrita cumulativa a ser realizada até uma semana antes do término do período de retificação de matrícula (estabelecido anualmente pelo Calendário USP). O conceito final (F) da disciplina será calculado como segue:

Conceito final (F) = [ nota da Disciplina (D) + nota da Recuperação (R) ] ÷ 2.